Подписать файлы можно в главном окне программы и через контекстное меню файла.

В главном окне программы выберите раздел «Расшифровка» или контекстном меню файла выберите пункт «Расшифровать»

Выберите файл в проводнике Windows (например, на Рабочем столе) и перетащите мышкой на иконку Сейфа.

В контекстном меню файла подписи выберите «Проверить подпись».